A koponyacsontok üregeket zárnak be. Az agykoponya által bezárt teret hívjuk koponyaüregnek. Az arckoponyán a páros szemüreget és a páratlan orr-, illetve szájüreget találjuk.
Az agykoponya két részből áll: a koponyaalapból és a koponyatetőből.
A koponyaalap belső felszíne három lépcsőszerűen elhelyezkedő gödörre tagozódik: az elülső, középső és hátsó koponyaárokra. Mindhárom koponyagödör területét számos nyílás járja át, melyeken erek és idegek lépbek be a koponyába, illetve a koponyából.
A koponyatető boltozatszerű szerkezete folytán igen rugalmas. Szilárdságát erősen növeli a kívül ráfekvő csonthártya, és a belső oldalát fedő kemény agyburok. A koponyacsontok belső felszíne egyenetlen, követi az agyvelő tekervényeinek alakját. A csontokon ezen kívül az artériák és a kemény agyburok gyűjtőeres öblei hagynak kifejezett lenyomatokat.
Az arckoponya külső és belső szerkezete igen változatos. Itt az üregek egész rendszerével találkozunk, melyek az arc belső felépítését bonyolulttá teszik.
A szemüregek piarmis alakúak, melyek csúcsa a koponya ürege felé néz. Alkotásukban számos csont vesz részt. A szemüregek a szemgolyónak és és járulékos alkotóelemeinek a befogadására és védelmére szolgálnak.
A csontos orrüreg körte alakú nyílással kezdődik az arcon, és hátul a garat ürege felé nyílik. Az orrsövény választja ketté. Az orrsövény rendszerint valamely irányban görbült, és így az egyik orrfelet beszűkíti. Az orrüreg oldalfalán helyezkednek el az orrkagylók, melyek ilyenformán az üreget felső, középső, alsó orrjáratra osztják. Az orrüregnek számos mellékürege van, ezek a környező csontokban foglalnak helyet (homloküreg, arcüreg, rostasejtek, ékcsonti öböl), és a különböző orrjáratokba nyílnak. Az alsó orrjáratba nyílik a könnytömlő kivezető csöve is, ezért folyik síráskor az orrból is váladék. A melléküregek levegőt tartalmaznak, mely légzéskor a külső levegőhöz keveredik és azt felmelegíti.
A szájüreg csontos vázát fölül a kemény szájpad képezi, mely határt von az orr- és a szájüreg között. A szájpad kétoldali szájpadnyúlványok összenövéséből fejlődik.
A koponya alakja nem, kor és fajok szerint rendkívül változatos. A nemi különbségek a medence után a koponyán a legkifejezettebbek. A nő homlokdudorai előbbreállók, arckoponyája az agykoponyához viszonyítva kisebb, állkapcsa kicsi, ezért az arc része oválisan lekerekedik. A csontok vékonyabbak, a dudorok nem olyan kifejezettek, ezért az nem olyan szögletes, mint a férfié. A gyermek koponyáján jellemző az agy- és arckoponya közti nagy fejlődésbeli különbség. Az agy erős növekedése folytán az agykoponya nagyra fejlődik az arc erősen visszamarad.